Existen diferentes opciones que las empresas pueden elegir al momento de emitir su Nómina Electrónica:
En este Alegra Live te daremos todos los detalles para que puedas elegir la mejor opción de emisión para tu negocio: Alegra Live - Conoce las opciones para emitir tu Nómina Electrónica
Si yo tengo la facturación electrónica con otro proveedor puedo hacer la nómina con ustedes?
¡Claro que sí! @Jesus_R! Puedes utilizar Alegra como tu proveedor de nómina electrónica, no es necesario que cuentes con un plan de facturación o de contabilidad. 
Puedes registrarte acá https://www.alegra.com/colombia/nomina-electronica/
Cuando se trata de emitir la Nómina Electrónica, las empresas cuentan con diversas opciones. Pueden optar por una solución de emisión integrada al software contable y administrativo, como Alegra. También, tienen la posibilidad de utilizar una aplicación independiente o incluso emplear una solución de emisión vía API. La versatilidad de estas opciones destaca la importancia de contar con un Software de Nómina que se adapte a los procesos particulares de cada empresa.