Que datos puedo cambiar? puedo poner logo y demás?
Claro que es posible. Alegra cuenta con diferentes modelos de plantillas para elaborar tus documentos, puedes elegir el que más te guste y ajustarlo a tus necesidades. Puedes añadir columnas, cambiar el estilo, la fuente, añadir tu logo personal entre otras opciones. Acá te comparto una guía con más información al respecto 
Hola Alvaro, sabes si además de estas personalizaciones, puedo cambiarle el nombre o título del documento. Por ejemplo que en lugar de Remisiones se llame Nota de Entrega. También me gustaría saber si puedo duplicar plantillas y nombrarlas de otro modo, por ejemplo, que pueda crear una plantilla llamada Pedido de Venta con las mismas características de las remisiones. Gracias por tu respuesta. Saludos!
¡Hola! @sascanio 
Por el momento no es posible realizar la modificación de los nombres o títulos de los documentos dentro del sistema como nos comentas.